Film Anak Kuntiyang berlatarkan tahun 1990-an akan menceritakan kepulangan seorang santri wanita yatim piatu bernama Sarah kembali ke Desa Wonoenggal untuk mengetahui informasi mengenai asal usul keluarganya dan identitas kedua orang tuanya. Sarah merupakan murid yang tengah menimba ilmu di sebuah pesantren. Suatu malam, ia mendapatkan teror dalam mimpi
Dari sosok kuntilanak yang mengaku sebagai ibunya. Setelah mendapat petunjuk dari pengasuh pesantren bernama Nyai Fatima, Sarah pergi ke sebuah kampung bernama Wonoenggal. Di sana, Sarah mendapat informasi kalau ibunya meninggal saat melahirkannya. Ia juga melihat bekas rumah yang menjadi tempat kelahirannya bersama saudara kembarnya, meski jejaknya tidak jelas.