Cerita dibuka ketika Clark Kent telah menjalin relasi dengan Lois Lane dan menghadapi ancaman dari musuh bebuyutannya, Lex Luthor. Film ini menitikberatkan pada pergulatan identitas Clark Kent sebagai makhluk Krypton yang dibesarkan di bumi, tepatnya di Smallville, Kansas. Dia berupaya menyeimbangkan dua sisi kehidupannya, sebagai makhluk dari Krypton.
Dengan kekuatan luar biasa dan manusia yang menjunjung nilai-nilai moral. Tokoh ini kini dihadapkan pada dunia yang kian mempertanyakan relevansi nilai-nilai seperti kebenaran, keadilan, dan kemanusiaan yang selama ini dianutnya. Salah satu adegan yang paling mencolok melibatkan karakter Lois Lane yang diperankan Rachel Brosnahan.