Film Danyang Wingit Jumat Kliwon berpusat berfokus pada sosok Ki Mangun Suroto, seorang dalang wayang ternama yang haus kekuasaan. Ia bukan sekadar dalang biasa, melainkan seseorang yang terobsesi untuk menguasai ilmu-ilmu kuno demi memperkaya diri dan mencapai keabadian. Demi mendapatkan kesaktian yang tak tertandingi dan menciptakan pertunjukan wayang yang hidup, Ki Mangun melakukan ritual terlarang, membuat wayang kulit dari kulit manusia sebagai tumbal.
Setiap wayang yang ia ciptakan membutuhkan tumbal, dan roh dari tumbal tersebut terperangkap dalam bilah-bilah kulit, menjadikannya wayang yang benar-benar hidup dan menyimpan dendam. Dalam perjalanannya, Ki Mangun merekrut seorang sinden muda bernama Citra ke padepokannya atas rekomendasi bibinya, Mbok Ning.