Janur Ireng mengisahkan kehidupan dua bersaudara, Sabdo dan Intan, yang awalnya menjalani hidup sederhana tanpa mengetahui bahwa mereka memiliki keterkaitan dengan konflik kelam masa lalu. Tragedi besar terjadi ketika rumah mereka terbakar habis secara misterius, memaksa keduanya kehilangan tempat tinggal sekaligus masa depan yang mereka kenal.
Dalam kondisi penuh keputusasaan, muncul Arjo Kuncoro, paman mereka yang berasal dari keluarga bangsawan terpandang dan dikenal memiliki kekayaan melimpah. Arjo menawarkan perlindungan serta kehidupan yang lebih layak, sehingga Sabdo dan Intan akhirnya dibawa ke kediaman megah keluarga Kuncoro. Sesampainya di rumah tersebut kehidupan Sabdo dan Intan tampak berubah menjadi lebih baik.