The Nun II mengisahkan cerita dengan latar waktu sekitar tahun 1950-an setelah Suster Irene (Taissa Farmiga) mengalami teror mengerikan seperti dalam sekuel pertamanya di film The Nun (2018). Saat itu, seorang gadis muda bernama Sophie bercerita kepada Suster Irene bahwa dirinya pernah bertemu dengan Nun, dan kemudian ia mengalami kejadian mengerikan.
Saat berjumpa dengan Valak di sebuah ruangan dan membuat teman-temannya terkejut dan ketakutan. Setelah itu, kehidupan Suster Irene mendadak berubah karena Valak (Bonnie Aarons) kembali datang untuk menerornya pada 1956 di Prancis. Setelah mencari-cari semua jawaban dari teror tersebut, selama ini ternyata Valak bersembunyi di dalam tubuh teman Suster Irene.