Kuncen berawal dari langkah Awindya yang memutuskan mendaki Gunung Merbabu bersama dua sahabatnya, Mojo dan Agnes, untuk mencari kekasihnya yang tak kunjung memberi kabar. Namun, perjalanan mereka yang semula penuh harapan berubah menjadi mencekam. Ketiganya mendapati bahwa sang kuncen gunung telah meninggal dunia secara tragis, diduga menjadi korban praktik ilmu hitam.
Kematian sang juru kunci tidak hanya menimbulkan duka, tetapi juga mengusik keseimbangan alam gaib di sekitar Gunung Merbabu. Warga setempat percaya, tanpa penjaga spiritual, batas antara dunia manusia dan makhluk halus menjadi kabur. Akibatnya, para pendaki mulai mengalami teror dari sosok-sosok tak kasat mata yang menghuni gunung tersebut.