Berlatar Jakarta 1946, “Perang Kota” mengisahkan Isa, mantan petarung dan pemain biola yang kini menjadi guru sekolah dasar. Dihormati atas jasanya di perang kemerdekaan, ia harus menghadapi trauma yang membuatnya impotensi. Isa tinggal bersama istrinya, Fatimah, dan anak angkat mereka, Salim. Di tengah kekacauan Jakarta akibat serangan pasukan Gurkha, Inggris, dan Belanda.
Ia terlibat dalam revolusi bersama muridnya, Hazil. Tanpa sepengetahuannya, Hazil diam-diam menjalin hubungan dengan Fatimah hingga menghamilinya. Menyadari situasi ini, Isa memilih berpura-pura tidak tahu dan mengakui anak dalam kandungan Fatimah sebagai miliknya. Isa dan Hazil pun menyusun rencana untuk meledakkan bioskop di Pasar Senen.