Setan Botak di Jembatan Merah menceritakan tentang kisah sedih dan mencengangkan seorang Indigo yang kehilangan sahabatnya. Sebagai seorang indigo, Nirmala mulai menyelidiki serangkaian kejadian aneh di panti asuhan tempatnya tinggal di Kampung Ancol Bahari. Di panti asuhan tersebut, setiap tahun anak-anak menghilang tanpa jejak.
Mitos menyebutkan bahwa makhluk botak kerap menampakkan diri di Jembatan Ancol, tempat banyak orang melaporkan kejadian-kejadian aneh dan suara-suara yang menyeramkan di malam hari. Dalam upayanya mengungkap misteri ini, Nirmala bertemu dengan Bang Ozi (Ozy Syahputra), seorang pria eksentrik yang memiliki keterkaitan dengan legenda Setan Botak.