Cek Khodam menceritakan tentang hantu yang dijadikan hiburan lewat konten Cek Khodam yang dibuat oleh tiga sahabat, yaitu Sakti (Jirayut), Wira (Saputra Kori), dan Bima (Benidictus Siregar). Tanpa mereka sadari, aksi mereka membuat AKM (Angka Ketakutan Manusia) turun drastis terhadap hantu dan dunia mistis. Keadaan itu membuat dunia gaib merasa kehilangan wibawa.
Para hantu dan khodam tidak lagi ditakuti seperti dulu, melainkan diperlakukan sebagai hiburan yang bisa ditertawakan. Merespons perubahan ini, Panglima Khodam turun langsung ke dunia manusia. Ia ditugasi mengembalikan martabat dunia gaib sekaligus menaikkan kembali angka ketakutan manusia terhadap makhluk tak kasat mata.