Cerita film Dune bermula setelah kematian sosok bernama Jamis, pejuang Fremen di dunia Arrakis yang terpencil. Pada kondisi ini, tokoh utama keturunan bangsawan Paul Atreides menemukan dirinya dalam dilema. Paul mengalami dilema antara antara cinta dan loyalitasnya terhadap Fremen serta takdirnya sebagai figur mirip mesias yang dikenal sebagai Kwisatz Haderach.
Sebagai pewaris House Atreides, Paul melanjutkan perjalanannya untuk memenuhi ramalan tentang keluarganya dan planet Dune. Ketika Paul memperoleh penghormatan dari Fremen, ia menyambut budaya mereka dan menjalani pelatihan yang ketat untuk menguasai kemampuannya yang misterius dan kuat. Kemampuannya untuk melihat masa depan, yang diperoleh melalui rempah-rempah.